库尔德病毒科 ⇐ 文章草稿

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'''''Skuldviridae''''' 是其中之一 截至 2024 年 3 月 8 日，科（生物学）|科 '''''Skuldviridae''''' 还单典型地仅包括单个属（生物学）|属 '''''Delusorvirus'''''。< ref name="ICTV"/>

所有“Atroposvirales”和“Skuldviridae”成员均已通过宏基因组学进行了鉴定（截至 2023 年 3 月）。
它们的假定宿主属于阿斯加古菌门内的洛基古菌纲。这在非分类学上将它们归类为古细菌病毒中的阿斯加德病毒。

== 描述 ==
迄今为止（截至 2021 年 10 月），尚未分离出感染 Asgardarchaeota 成员的病毒。
究其原因，主要在于仙宫古菌宿主培养困难。
因此，所有以前官方认可的阿斯加德病毒都是通过宏基因组学来鉴定的。然而，截至 2021 年 10 月，通过宏基因组学在深海沉积物样本中发现了三个病毒组，并将其分配给 Asgardarchaeota 宿主，其中包括“Skuldviridae”（Skuldviruses、
因此，Skuldviruses 被认为属于这些“Tectiliviricetes”中的一个新病毒目，其中包括两个带有细菌宿主的病毒目（噬菌体：“Vinavirales”（属于“Corticoviridae”家族）和“Kalamavirales”（属于噬菌体家族） “Tectiviridae”），一种具有古菌宿主（古菌病毒：“Belfryvirales”，属于“Turriviridae”家族），一种具有真核生物宿主（“Rowavirales”，属于“腺病毒科”家族） ) .

=== 主办方 ===
据预测，“Delusorvirus”属的病毒会以 Asgard 病毒的形式感染 Lokiarchaeia（Asgardarchaeota）古细菌。
这是 Heimdallarchaeota|Heimdallarchaeia 的姐妹纲，在大多数系统发育分析中形成真核生物的姐妹进化枝。属于真核生物（复杂-细胞生物）。所有真正的多细胞生物，包括真菌、植物和动物，包括人类。该组中的病毒在进化方面特别令人感兴趣（参见病毒真核发生假说）。

=== 位置和栖息地 ===
2022 年，Sofia Medvedeva 等人发表了一项宏基因组学研究，其中他们从下北半岛（日本）附近的深海盆地沉积物样本中鉴定出了 Asgardarchaeota 的 20 个重叠群#MAGs|MAG。C9001地点，水深1,180米|m，海底沉积物深度0.91–363.3 m。

与古细菌一起，eDNA（环境 DNA，
SkuldV1 还与来自 21 的 Asgardarchaeota MAG 相关。 2018 年 4 月从 Hikurangi Graben（也称为 Hikurangi 海槽）采集的缺氧沉积物样本 发现于北岛（新西兰）|新西兰北岛。

SkuldV3 来自 Medvedeva ''et al.'' (2022) 研究的原始数据集。
SkuldV3 最初是从卡斯卡迪亚边缘的水下沉积物中发现的（海洋钻探计划，站点 1244）。
SkuldV1 和 SkuldV3 被组装为环状重叠群，因此对应于完整的病毒基因组。

skuld 病毒的栖息地与其假定的 Lokiarchaeia 宿主相对应：深海海沟列表，已证明位于太平洋（但可能是 Lokiarchaeia 出现的所有海洋）。

===基因组和蛋白质组===
与领域（病毒学）的其他成员类似|领域“Varidnaviria”遗传密码|Skuldviruses编码衣壳#Capsomer|具有蛋白质折叠的主衣壳蛋白（MCP）|折叠类型病毒的起源#Varidnaviria|双果冻- Roll (DJR)，以及 FtsK-HerA 蛋白家族 | 超家族的假定基因组包装 ATP 酶，然而，它们与“双倍体病毒”领域成员的终止酶不同，因此与它们没有直接关系。
这是在 SkuldV1 的 contig#MAGs|MAG 从 Hikurangi 俯冲带的缺氧沉积物中组装而成后首次发现的。
使用 SkuldV1 MCP 进行序列搜索，鉴定出 SkuldV2 和 SkuldV3。

除了 DJR MCP 之外，绝大多数“Varidnaviria”都编码 FtsK-HerA 超家族的基因组包装 ATP 酶；在所有三个 SkuldV 基因组中都鉴定出了此类 ATP 酶的同源物（遗传学）|同源物，表明它们确实是该领域的成员。
进一步的比较表明，skuld病毒与“Corticoviridae”、“Turriviridae”、“Turriviridae”、“Tectiviridae”科（所有科的“Tectiliviricetes”）病毒关系最为密切。门 ''Preplasmiviricota'') 是相关的。
使用 SkuldV1 预测的 MCP 模型进行的结构比较也表明，它与真核 PM2 噬菌体|假交替单胞菌噬菌体 PM2（“皮质病毒科”）的 MCP 最相似。
与来自姊妹门“Megaviricetes”纲的真核东方锥体病毒（“Heliosvirus raunefjordenense”种，“Allomimiviridae”科，以前的“Phycodnaviridae”）的一致性显着较低核细胞病毒'' 。

绝大多数 Skuldvirus 蛋白与其他已知病毒编码的蛋白没有相似性。
聚类分析|网络分析表明，Skuldvirus MCP 形成了自己的簇，与当时已知的其他 DJR MCP 群分开，证明了分类学分类到它们自己的目（“Atroposvirales”）中的合理性。
由于 SkuldV1 和 SkuldV3 之间大约有 87% 的序列相似性，这两种病毒被归类为同一属的两个不同物种。

==系统学==
“Skuldviridae”目“Atroposvirales”的系统学依据
目（生物学）|目 '''''Atroposvirales'''''
* 科（生物学）|科 '''''Skuldviridae'''''
** 属（生物学）|属 '''''Delusorvirus'''''
*** 物种（生物学）|物种“Delusorvirus cascadiense”
**** 菌株（生物学）#病毒株|洛基古菌病毒SkuldV3，基因组长度11,372碱基对|bp *** 物种“Delusorvirus hikurangiense”
**** Lokiarchaeia 病毒株 SkuldV1，基因组长度 11,290 bp
– 位置：Hikurangi 海沟 北岛（新西兰）|新西兰北岛，21。 2018 年 4 月
*** 物种“Lokiarchaeia 病毒 SkuldV2”，基因组长度 11,871 bp（不完整）MCP 基因的约 100 个密码子（300 bp）缺失。< ref name= "Medvedeva2022"/>
–位置：海底沉积物（
==词源==
阿特罗波斯病毒目（Atroposvirales）的名称指的是阿特罗波斯（Atropos），莫伊里三女神中最古老的一位，希腊神话中的命运女神——她们对应北欧神话中的诺恩（Norns）；结局'
*“Skuldviridae”科的名称源自 Lokiarchaeia 病毒（Skuldviruses：SkuldV1、SkuldV3，...）；结局' *：Skuld（参见 de 'guilt'）是北欧神话中的三位 Norns（命运女神）之一，与 Verdandi （又名 Werdandi）和 Wurd|Wyrd （又名 Wurd，参见 Urd|Urðr）并列。
** 属名“Delusorvirus”源自 *** 特定加词“cascadiense”是拉丁化属格，意思是“来自卡斯卡迪亚 [Margin]”或“属于卡斯卡迪亚 [Margin]”，指的是参考菌株 SkuldV3 的位置。
*** 特定加词“hikurangiense”类似于拉丁化属格，意思是“Hikurangi”或“属于 Hikurangi”，指的是参考菌株 SkuldV1 的位置。

==注释==


希库朗吉海沟（Hikurangi Trench），又称希库朗吉海槽，是新西兰北岛东海岸太平洋底部的一条深海海沟，位于库克海峡南端和查塔姆海隆之间。它是更深的克马德克海沟的南部延续，位于希库朗吉边缘的俯冲带。另见冈瓦纳大陆和西兰大陆的解体。





Sofia Medvedeva、Jiarui Sun、Natalya Yutin、Eugene V. Koonin、Takuro Nunoura、Christian Rinke、Mart Krupovic：[https://ictv.global/ictv/proposals/2022 ... les_no.zip 创建一个新订单，''' Atroposvirales''' 和两个新科，'''Verdandiviridae''' 和 '''Skuldviridae''' 用于 Asgardarchaeota 病毒分类] (zip:docx)。向 ICTV 提交的提案 2022.002A（已通过），2021 年 10 月（

国际病毒分类委员会|ICTV：[https://ictv.global/taxonomy/taxondetai ... posvirales 顺序：“Atroposvirales”]。 2022 年发布，MSL #38。


国际病毒分类委员会|ICTV：[https://ictv.global/taxonomy 分类浏览器]。


国家生物技术信息中心|NCBI 分类浏览器：[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... e=3&unlock Atroposvirales]。< br/>

国家生物技术信息中心|NCBI 核苷酸：[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2243215601 LC711076]。阿斯加德古菌病毒 SkuldV2 DNA，完整基因组。


[https://www.mtu.uni-bremen.de/cascadia- ... argin.html 卡斯卡迪亚盆地和边缘]。上：海洋地球物理学：地震声学研究与测量。不莱梅大学海洋技术/环境研究系：Geo Bremen (mtu.uni-bremen.de)。



Sofia Medvedeva、Jiarui Sun、Natalya Yutin、Eugene V. Koonin、Takuro Nunoura、Christian Rinke、Mart Krupovic：“在宏基因组组装的基因组中鉴定出阿斯加德古细菌病毒的三个家族。”见：“自然微生物学”，卷7，第 7 期，2022 年 7 月，第 962-973 页； doi:10.1038/s41564-022-01144-6，PMID 35760839，Ligne|HAL-Pasteur 的超级文章：[https://pasteur.hal.science/pasteur-03711350/document 03711350]，Epub 2022 年 6 月 27 日（

Tomas Alarcón-Schumacher、Susanne Erdmann：“阿斯加德古细菌病毒的宝库”。载于：“自然微生物学”。第 7 卷，2022 年 6 月 27 日，第 931-932 页； doi：10.1038/s41564-022-01148-2。 大足：
* Nicoletta Lanese：[https://www.sciencealert.com/these-newl ... e-on-earth 这些新发现的病毒


类别：病毒家族
类别：噬菌体