霍达克霉属 ⇐ 文章草稿

[Anonymous]

“''Candidatus（生物学）|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''”是古细菌的候选属（生物学）|属。
它属于单型候选科“''Ca.'' '''Hodarchaeaceae'''”，并且属于单型候选目“''Ca.'' '''Hod­archae­ales''”（以前称为 '''LC-3'''）。这属于单型候选门“''Ca.'' Hod­archaeota”中的单型候选类（生物学）|类“''Ca.'' Hod­archaeia”。虽然该门未归属于 LPSN 中的古菌界（生物学）|界，但在国家生物技术信息中心|NCBI 分类学中，它被归属于 Promethearchaeati|Pro­methe­archaeati (Asgard-Ar­chae­en) 界。

然而 GTDB 对它们的分类不同
“''Ca.'' Hodarchaeum”包括唯一（候选）物种“''Ca.'' Hodarchaeum mangrovi”。
然而，GTDB 还从宏基因组学中将一些 DNA 序列（“分离物”）分配给该属的其他物种，
在 NCBI 分类学中，它们通常隶属于 Hodarchaea，无需进一步分类（“incertae sedis”）。

==研究历史==
Yang Liu、Yuri I. Wolf、Eugene V. Koonin、Meng Li“等人”在 2021 年发表了对 162 个 Asgard 古菌完整或接近完整基因组的比较分析，其中包括 75 个新的 contig#MAGs|MAG（由宏基因组组装而成的基因组），这代表了当时 Asgard 古菌系统发育生物多样性的显着扩展，并引领了它们同时在这个超类群中提出六个额外的门。
这些候选门之一是 Hodarchaeota，它拥有部落或 MAG As_027（物种“''Candidatus（生物学）|Ca.'' Hodarchaeum mangrovi”）。

2021 年，Sun 等人将“Ca.”Hodarchaeales 目 [clade LC-3] 划入“Ca.”Heimdallarchaeia 纲。

2025 年，Zhang 等人根据涉及多组标记的详细系统发育分析得出结论，真核生物在多样化之前从“Ca.”Heimdallarchaeia 纲中分化出来，而不是（如之前假设的那样）与“Ca.”Hodarchaeales 纲中的“Ca.”Hodarchaeales 一起分化。海姆达尔古菌”。
==系统学==
目前公认的分类法基于
属（生物学）|属 "''Candidatus（生物学）|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''" * 物种（生物学）|物种 "''Candidatus'' '''Hodarchaeum mangrovi'''" ** 菌株 As_027(L) 又名 FT2_5_011 - 地点：中国深圳福田自然保护区海岸沉积物
** 菌株 FT_5_011(N,G) - 地点：中国深圳福田自然保护区海岸沉积物(N)
** 菌株 MWH_BASALT_bin2412(N)（作者：H. Li） – 地点：中国(N)
** 菌株 SJG_metabat2_bin1771(N) （作者：H. 李) – 地点：中国(N)

* 物种“Hodarchaeum sp011364965”(G) ** 菌株 N1B_bin6.179(N,G) - 地点：长江口|中国长江(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp020353515''(G) ** 部落 bin6(N,G) – 位置：丢天禄岛以西[https://www.alamy.it/fotos-immagini/diu ... y=relevant DiuTin Luk]。上：alamy (alamy.it,
* 物种“Hodarchaeum sp020351745”(G) ** 部落 bin76(N,G) - 位置：香港大屿山西南部丢天禄岛以西|香港大屿山西南部(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp020348965''(G) ** 菌株 bin272(N,G) - 地点：香港大屿山西南部丢天禄岛以西|香港大屿山西南部(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp016840035''(G) ** 菌株 YT1_021(N,G) - 地点：中国山东省荣成国家天鹅自然保护区(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp016839815''(G) ** 菌株 YT2_004(N,G) - 地点：中国山东省荣成国家天鹅自然保护区(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp016839785''(G) ** 菌株 YT2_065(N,G) - 地点：中国山东省荣成国家天鹅自然保护区(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp016839625''(G) ** 菌株 YT5_056(N,G) - 地点：中国山东省荣成国家天鹅自然保护区(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp003144275''(G) ** 菌株 B3_Heim(N,G) - 地点：香港与高雄（台湾）之间的海域(N)

* 物种“Hodarchaeum sp011364965”(G) ** 菌株 SZ_4_bin2.246(N,G) – 地点：中国深圳湾红树林沉积物(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp019057635''(G) ** 菌株 MAG_8(N,G) - 位置：来自甲烷流出的沉积物，圣莫尼卡土丘，[加利福尼亚州附近的太平洋(N)

* 物种 ''Hodarchaeum sp030589605''(G) ** 应变 CSMAG_10(N,G) – 位置：冷泉的宏基因组（
* 物种 ''Hodarchaeum sp029856365''(G) ** 菌株 WORE3(N,G) - 位置：白橡树河口 (WOR)，[https://mapcarta.com/21343060 White Oak River。]Mapcarta (en)。[http://www.coastalnc.org/whiteoakriver/The White Oak River]。上：北卡罗来纳州南外滩群岛和水晶海岸 (coastalnc.org)。 美国北卡罗来纳州(N)
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* L – * N – 分类 * G – * G:N – 根据 GTDB，NCBI 名称显然是以前的 NCBI 名称
一些菌株的 NCBI 名称显然仍然反映了之前将属或目分类为“Ca.”Heimdallarchaeia 类及其门。

==词源==
拟议的通用名称“Hod­ar­chae­um”由新的
特定绰号“man­gro­vi”是新的
==注释==




LPSN：[https://lpsn.dsmz.de/genus/hodarchaeum Genus "''Candidatus'' Hodarchaeum"] Liu ''et al.'' 2021，德国微生物和细胞培养物保藏中心 (DSMZ)。


国家生物技术信息中心|NCBI：[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... Candidatus Hodarchaeum”]，详细信息： [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... Candidatus Hodarchaeum”刘等人。 2020]（属）； graphisch: [https://lifemap.cnrs.fr/tree?tool=searc ... -mode=true ''Candidatus Hodarchaeum'']，auf Lifemap。





Yingchun Han, Chuwen 张, Zhuoming Zhao, Yongyi Peng, Jing Liao, Qiuyun Jiang, Qing Liu, Zongze Shao, Xiyang Dong:“来自全球冷泉的综合基因组目录。”In:“科学数据”, Band 10, Nr.1, 8. 2023 年 9 月, S.596;

Yang Liu、Kira S. Makarova、Wen-Cong Huang、Yuri I. Wolf、Anastasia N. Nikolskaya、Xinxu Zhang、Mingwei Cai、Cui-Jing Zhang、Wei Xu、Zhuhua Luo、Lei Cheng、Eugene V. Koonin、Meng Li：“Asgard 古细菌的扩展多样性及其与真核生物的关系。”见：《自然》，第 593 期，4 月 28 日2021，S.553–557；

Jiarui Sun、Paul N. Evans、Emma J. Gagen、Ben J. Woodcroft、Brian P. Hedlund、Tanja Woyke、Philip Hugenholtz、Christian Rinke：“终止密码子的重新编码扩大了两个新的 Asgardarchaeota 谱系的代谢潜力。”见：“ISME Communications”，Band 1，Nr. 1，2021 年 12 月，   30;




类别：阿斯加古菌